文献汇报工作流
- 2026-10-23 19:54:39
文献汇报工作流关注此公众号的绝大部分是在读的学生,不知道各位能否每两周产出一份高质量的文献阅读报告?对于很多人来说,读文献或者开组会时讲解是一个很痛苦的过程,因为许多文章的内容构成复杂而且涉及到大量自己并不了解的东西。 想要一次性读透一篇顶级的科研论文,对于我们来说几乎是不可能的,所以我建立了一个包含多个步骤的工作流,将论文报告所需要的步骤拆解为一些按时序的完成简单任务。下面我会完整地展示工作流,一些补充说明会在文章末尾展示。 1.准备阶段 首先搜集这篇文章所有的信息:原文链接,文章全文的pdf或其他格式文件,所有supplement文件。然后使用你熟悉的AI和提示词,尽可能详细地分析这篇文章,将结果保存为pdf文件格式命名为(“一个与该文章主题高度相关的词”+”文章出版年份”+“期刊名称”),在之后的所有步骤如果有不懂的地方都可以参考这个文件。最后创建一个ppt文件,按照相同的方法命名,预设你喜欢的模版,将文章中所有的Figure按照顺序粘贴到ppt中,首页可以放置文章基本信息的截图。 2.图像分析 首先判断这篇文章(判断的方法:文章中一些图像你明确了解其原理和目的,并且能够通过该图像得出一个结论,表明对该领域有一定了解。如果文章中的图像完全不理解其目的,甚至题目中出现的名词不理解含义,表明这篇文章对你来说是全新的) 如果你对该文章有一定基础,通过ppt上的图片顺序,仔细阅读每一张图像,将你得到的结论或者图像的关键点标注到ppt内,例如使用红色框标注出WB的关键条带,heatmap中关键基因的表达差异尝试总结这张图像表达的信息,作为这一页ppt的子标题,也可以直接执行第三步的内容。对于不了解的图像内容,参照下文。 如果你完全不理解这篇文章,首先阅读AI分析文件,将每个图像的试验方法与结果对应起来。然后通过AI或其他方法,了解图像中使用的试验方法的原理与核心目的,然后在该图像旁边或者新建一张幻灯片,使用一张示意图解释这个实验(例如酵母双杂交实验你至少需要知道检验的是蛋白质相互作用,结果通常的展示形式是什么样的) 
(酵母双杂交,左边为原理,右边为文献图片) 这一步我们理解了文章的关键试验和结果。 3.逻辑整理 一篇复杂的文章得出结论的过程往往不直接,可能是涉及了多个推断链例如A推理出B,B推理出C,或者每一个推理都有多个不同的试验支持。第二步我们已经知道了解图像的内容,这一步的目的是将这些图像按照逻辑重新分割。 首先建立文章中Figure从前到后的逻辑链条,尝试将不同的Figure归纳为同一个主题作为ppt内可以写到目录的一个部分。例如,在涉及ABCDE五个元素的研究中,Figure1,2的内容表明了A和B的联系,总结这两张图说明的结论并且写到目录中。 除了归纳还有拆分过程,复杂文章的单个图像一般由许多部分组成,每个小图的研究层次和手段有一定差异。将每一个图像中证明的观点一致的小图尽可能放到同一张ppt,将逻辑上有递进关系的图像放到相连的ppt。例如,GWAS分析一般和LDheatmap同时出现,可以放到同一页,之后的精细定位方法可以放到第二页,突变体验证该位点可以放到第三页。 
这一步结束后我们可以完成ppt的目录和每一张图像的拆分归纳。 4.提出问题和纠错 这里问题的来源可以是这篇文章的创新点,也可以是你感兴趣或课题相关的信息。例如你研究的是锂电池的性能,这篇文章提到了其他类型电池的性能提高策略。问题自然就是这些方法可以尝试推广到锂电池上吗?由这一个问题可以继续检索相关文献或者提出一些思考列到最后。这里可以根据这篇文章对你研究的指导意义添加功能多内容,例如其中一些技术的迁移应用是否有可行性?可以尝试直接制定一个实验方案。 无论是AI生成的解读,还是你自己检索的信息都有一定概率是错误的。或者你的思考出现了偏差,甚至在写ppt关键词的时候拼写错误等等都是需要纠正的。这个时候请记住这个错误,因为你自己可能犯的错误,和你水平相当的同学也可能犯错。理解错误的原因,如果有必要的话在ppt中强调你出错的地方。 5.一些说明 这个工作流最重要的事情,其实是这些步骤之间的gap,这是你思考这篇文章的时间。爱因斯坦曾经说“并不是我很聪明,我只是和问题相处得比较久一点而已”,你想一次性尝试理解这篇文章,往往会很快放弃。所以使用这个工作流,请你将这四个步骤发散到一周两周甚至一个月,如果你的记忆能力不好,可以将文章打印出来带在身边,在你空闲的时候偶尔看一下。 关于AI的使用:目前AI的特点是生成的内容往往华而不实,而一篇科研论文的报告时需要的是朴素,将一篇复杂的文章简化,让每个人都能听懂。我个人对于AI的认识是这样的:尽可能用精准的提示词让AI完成一些以往需要大量查阅和检索的内容,理解AI生成的信息后用你自己的语言逻辑体系制作ppt或者联系你的研究。如果你曾经使用过AI生成的ppt,会发现页面的编排非常乱,有一些莫名其妙的小图标,而且语言很怪异。 最后是一个有些反直觉的点:不要尝试进入作者的视角。非常多的人在讲解文章的时候不由自主的会陷入作者的角度,反而忽略了基本的逻辑。很多文章之所以提出了一些创造性的观点,很可能是由于作者的前期研究积累,例如作者构建了A和C之间的相关性和因果关系,并不是他直接发现或者想到的,有时候是他先前研究发现了一个中间元素B,这个元素与A和C都有一些关联。为了按照生物学的信号转导或者调控关系,文章才会从A讲起再到C,实际上如果你从未研究过B,很难发现A和C的因果关系。 以上是本人的一点愚见,希望能够对你有一点点帮助。


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