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文献汇报工作流

  • 2026-03-13 07:53:40
文献汇报工作流
关注此公众号的绝大部分是在读的学生，不知道各位能否每两周产出一份高质量的文献阅读报告？对于很多人来说，读文献或者开组会时讲解是一个很痛苦的过程，因为许多文章的内容构成复杂而且涉及到大量自己并不了解的东西。
想要一次性读透一篇顶级的科研论文，对于我们来说几乎是不可能的，所以我建立了一个包含多个步骤的工作流，将论文报告所需要的步骤拆解为一些按时序的完成简单任务。下面我会完整地展示工作流，一些补充说明会在文章末尾展示。
1.准备阶段
首先搜集这篇文章所有的信息：原文链接，文章全文的pdf或其他格式文件，所有supplement文件。然后使用你熟悉的AI和提示词，尽可能详细地分析这篇文章，将结果保存为pdf文件格式命名为（“一个与该文章主题高度相关的词”+”文章出版年份”+“期刊名称”），在之后的所有步骤如果有不懂的地方都可以参考这个文件。最后创建一个ppt文件，按照相同的方法命名，预设你喜欢的模版，将文章中所有的Figure按照顺序粘贴到ppt中，首页可以放置文章基本信息的截图。
2.图像分析
首先判断这篇文章（判断的方法：文章中一些图像你明确了解其原理和目的，并且能够通过该图像得出一个结论，表明对该领域有一定了解。如果文章中的图像完全不理解其目的，甚至题目中出现的名词不理解含义，表明这篇文章对你来说是全新的）
如果你对该文章有一定基础，通过ppt上的图片顺序，仔细阅读每一张图像，将你得到的结论或者图像的关键点标注到ppt内，例如使用红色框标注出WB的关键条带，heatmap中关键基因的表达差异尝试总结这张图像表达的信息，作为这一页ppt的子标题，也可以直接执行第三步的内容。对于不了解的图像内容，参照下文。
如果你完全不理解这篇文章，首先阅读AI分析文件，将每个图像的试验方法与结果对应起来。然后通过AI或其他方法，了解图像中使用的试验方法的原理与核心目的，然后在该图像旁边或者新建一张幻灯片，使用一张示意图解释这个实验（例如酵母双杂交实验你至少需要知道检验的是蛋白质相互作用，结果通常的展示形式是什么样的）
（酵母双杂交，左边为原理，右边为文献图片）
这一步我们理解了文章的关键试验和结果。
3.逻辑整理
一篇复杂的文章得出结论的过程往往不直接，可能是涉及了多个推断链例如A推理出B，B推理出C，或者每一个推理都有多个不同的试验支持。第二步我们已经知道了解图像的内容，这一步的目的是将这些图像按照逻辑重新分割。
首先建立文章中Figure从前到后的逻辑链条，尝试将不同的Figure归纳为同一个主题作为ppt内可以写到目录的一个部分。例如，在涉及ABCDE五个元素的研究中，Figure1，2的内容表明了A和B的联系，总结这两张图说明的结论并且写到目录中。
除了归纳还有拆分过程，复杂文章的单个图像一般由许多部分组成，每个小图的研究层次和手段有一定差异。将每一个图像中证明的观点一致的小图尽可能放到同一张ppt，将逻辑上有递进关系的图像放到相连的ppt。例如，GWAS分析一般和LDheatmap同时出现，可以放到同一页，之后的精细定位方法可以放到第二页，突变体验证该位点可以放到第三页。
这一步结束后我们可以完成ppt的目录和每一张图像的拆分归纳。
4.提出问题和纠错
这里问题的来源可以是这篇文章的创新点，也可以是你感兴趣或课题相关的信息。例如你研究的是锂电池的性能，这篇文章提到了其他类型电池的性能提高策略。问题自然就是这些方法可以尝试推广到锂电池上吗？由这一个问题可以继续检索相关文献或者提出一些思考列到最后。这里可以根据这篇文章对你研究的指导意义添加功能多内容，例如其中一些技术的迁移应用是否有可行性？可以尝试直接制定一个实验方案。
无论是AI生成的解读，还是你自己检索的信息都有一定概率是错误的。或者你的思考出现了偏差，甚至在写ppt关键词的时候拼写错误等等都是需要纠正的。这个时候请记住这个错误，因为你自己可能犯的错误，和你水平相当的同学也可能犯错。理解错误的原因，如果有必要的话在ppt中强调你出错的地方。
5.一些说明
这个工作流最重要的事情，其实是这些步骤之间的gap，这是你思考这篇文章的时间。爱因斯坦曾经说“并不是我很聪明，我只是和问题相处得比较久一点而已”，你想一次性尝试理解这篇文章，往往会很快放弃。所以使用这个工作流，请你将这四个步骤发散到一周两周甚至一个月，如果你的记忆能力不好，可以将文章打印出来带在身边，在你空闲的时候偶尔看一下。
关于AI的使用：目前AI的特点是生成的内容往往华而不实，而一篇科研论文的报告时需要的是朴素，将一篇复杂的文章简化，让每个人都能听懂。我个人对于AI的认识是这样的：尽可能用精准的提示词让AI完成一些以往需要大量查阅和检索的内容，理解AI生成的信息后用你自己的语言逻辑体系制作ppt或者联系你的研究。如果你曾经使用过AI生成的ppt，会发现页面的编排非常乱，有一些莫名其妙的小图标，而且语言很怪异。
最后是一个有些反直觉的点：不要尝试进入作者的视角。非常多的人在讲解文章的时候不由自主的会陷入作者的角度，反而忽略了基本的逻辑。很多文章之所以提出了一些创造性的观点，很可能是由于作者的前期研究积累，例如作者构建了A和C之间的相关性和因果关系，并不是他直接发现或者想到的，有时候是他先前研究发现了一个中间元素B，这个元素与A和C都有一些关联。为了按照生物学的信号转导或者调控关系，文章才会从A讲起再到C，实际上如果你从未研究过B，很难发现A和C的因果关系。
以上是本人的一点愚见，希望能够对你有一点点帮助。
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