水院研会实行研究生代表大会制度和主席团集体负责制度，制订有《武汉大学水利水电学院研究生会章程》。
水院研会架构如图所示。由权力机构武汉大学水利水电学院研究生代表大会公开选举产生执行机构，架构为“主席团+工作部门”模式。工作部门分为办公室、宣传部、就业实践部、发展权益部、学术科技部、文体部六个部门。同时按照要求并结合自身条件，成立了水利水电学院研究生代表大会常任代表委员会。
水院研会包括主席团成员3名，各个部门包括负责人2名，工作人员若干，第二十五届研究生会全体成员共计39人。主席团成员、负责人及工作人员均为中国共产党员或共青团员，且均已经过公示。
水利水电学院党组织定期听取院研会工作汇报，每月2次小范围例会，每学期1次总结会议，且根据工作需要不定期组织工作会议，研究决定重大事项。并由学院团委副书记、研究生辅导员许笑星老师负责指导研究生会。
水院研会每年定期规范召开研究生代表大会，落实团中央团学组织改革精神，根据《武汉大学水利水电学院研究生会章程》，调整改革研会组织制度体系，强化了研究生代表大会在研会中的最高权力机构地位，严格落实研究生代表大会制度和常任代表委员会制度，在研代会代表选举、提案征集、履职尽责等方面严格依规落实，充分体现了研究生会来自全体研究生同学、服务于全体研究生同学的宗旨使命。
此外水院研会每学期均会组织研究生会的述职考核工作，制订了工作管理规则、骨干考核办法、选拔奖惩制度、档案管理办法、财务管理制度等一系列工作制度，并在实践探索过程中根据实际情况不断完善修订。
水院研会常态化开展理论领学。将思想引领作为全体例会的“第一议题”，引导全体骨干紧跟党的理论创新步伐，提升政治素养。积极发挥功能型党支部堡垒作用。依托研会功能型党支部，定期开展专题学习会议，强化爱国主义教育和集体荣誉感。扎实推进思想实践活动。坚持知行合一，定期开展骨干培训与思想引领理论学习，引导研究生骨干在志愿服务和实际工作中践行全心全意为同学服务的宗旨。
