在这段时期内，台湾当局由陈水扁执政。陈水扁极力依托“法理台独”路线争取选票。尤其是在2004年台湾地区领导人选举，甚至提出“公投绑大选”，企图推进法理台独。大陆方面审时度势，研究制定《反分裂国家法》，遏制阻止陈水扁分裂行径。
与陈水扁的形成对应关系的，是连战、宋楚瑜等泛蓝阵营人士的正向面对。包括2005年促成国共两党最高领导人会面的“破冰之旅”是重要成果。
这些年政府工作报告涉台部分关注两岸“三通”。依旧以八项主张作为指导原则，2007年后为推动祖国和平统一进程的各项政策。
（2003）
全面贯彻“和平统一、一国两制”的基本方针和解决台湾问题的八项主张，争取在一个中国原则基础上尽早恢复两岸对话与谈判，坚决反对任何旨在制造“台湾独立”、“两个中国”、“一中一台”的言行。进一步扩大两岸人员往来和经济、文化等领域的交流与合作，积极推进两岸直接“三通”。加强与台湾各党派和各界人士就发展两岸关系、推进和平统一交换意见。继续支持海外侨胞开展的“反台独、促统一”活动。我们相信，经过全体中华儿女不懈奋斗，祖国的完全统一就一定能够早日实现。
（2004）
我们坚持“和平统一、一国两制”的基本方针和现阶段发展两岸关系、推进祖国和平统一进程的八项主张。我们将积极推进两岸人员往来和经济、文化交流，促进直接“三通”，依法保护台湾同胞在大陆的正当权益，继续推动在一个中国原则基础上恢复两岸对话和谈判。我们将以最大的诚意、尽最大的努力，实现祖国的和平统一。坚决反对任何形式的“台独”分裂活动，绝不允许任何人以任何方式把台湾从中国分割出去。我们坚信，在包括台湾同胞在内的全体中华儿女的不懈努力下，祖国完全统一的共同愿望，一定能够早日实现！
（2005）
我们坚持“和平统一、一国两制”的基本方针和现阶段发展两岸关系、推进祖国和平统一进程的八项主张，维护台海和平和两岸关系稳定发展。我们鼓励和推动两岸人员往来和经济、文化等领域的交流与合作，鼓励和推动两岸直接“三通”。继续争取在一个中国原则基础上恢复两岸平等的协商和谈判。只要是对两岸关系发展与和平统一有利的事，我们都会尽最大努力去做。这次大会将要审议的《反分裂国家法(草案)》，充分体现我们以最大的诚意、尽最大的努力争取和平统一的一贯立场，表明全中国人民维护国家主权和领土完整、绝不允许“台独”分裂势力以任何名义、任何方式把台湾从中国分割出去的共同意志和坚定决心。我们将与广大台湾同胞一道，为完成祖国统一大业而共同奋斗！
（2006）
我们坚持“和平统一、一国两制”的基本方针和现阶段发展两岸关系、推动祖国和平统一进程的八项主张，坚持一个中国原则决不动摇、争取和平统一的努力决不放弃、贯彻寄希望于台湾人民的方针决不改变、反对“台独”分裂活动决不妥协。我们将继续和台湾同胞一道，促进两岸人员往来和经济、科技、文化交流与合作，构建和平稳定的两岸关系。我们将努力争取在一个中国原则基础上恢复两岸对话与谈判；推动全面、直接、双向“三通”进程；支持海峡西岸和其他台商投资相对集中地区的经济发展；依法保障台湾同胞正当权益，竭诚为台湾同胞服务。两岸关系朝着和平稳定、互利共赢方向发展是人心所向，任何人妄图破坏这种大趋势是注定要失败的。最终完成祖国统一大业是全体中国人的共同愿望，是任何人都阻挡不了的。
（2007）
我们坚持“和平统一、一国两制”的基本方针，坚持新形势下发展两岸关系、推动祖国和平统一进程的各项政策。团结广大台湾同胞，坚决反对“台湾法理独立”等任何形式的分裂活动。牢牢把握两岸关系和平发展主题，积极扩大两岸交流与合作，促进直接“三通”，以最大的诚意、尽最大的努力为两岸同胞谋和平、谋发展、谋福祉。我们将继续在一个中国原则基础上，加强同主张发展两岸关系的台湾各党派的对话和交流，争取早日恢复两岸对话与谈判，努力推动两岸关系朝着和平稳定方向发展。我们坚信，在包括台湾同胞在内的全体中华儿女的共同努力下，中国的完全统一一定能够实现！
